ヒューマン・メタボローム・テクノロジーズ株式会社（6090） 有価証券報告書 2026年6月期

３【事業の内容】

　当社グループは、当社および欧米市場における販売子会社であるHuman Metabolome Technologies America, Inc.（以下「HMT-A」といいます。）の２社で構成され、「未来の子供たちのために、最先端のメタボローム解析技術とバイオ技術を活用した研究開発により、人々の健康で豊かな暮らしに貢献する」ことを企業理念とし、独創的な質量分析技術を駆使して、研究開発から生産効率化、品質保証・検査までを支える“バイオ解析プラットフォーマー”として、顧客・ユーザに付加価値を提供することをビジョンとして事業を展開する慶應義塾大学発のベンチャー企業です。

　顧客のライフサイエンス研究支援、機能性素材開発支援、バイオものづくり支援のニーズに対し当社のバイオ解析技術・ノウハウにより、ソリューションを提供してまいります。

＜事業系統図＞

(1）メタボローム解析

　人間をはじめとする生物は、筋肉や臓器、骨といった多様な機能を持つ器官から成り立ちますが、これらはアミノ酸や脂質、核酸などの代謝物質（メタボライト）を共通の構成因子としており、代謝物質は全ての生命活動において欠かせない役割を担っています。代謝物質は食事により供給され、運動など日々の活動の中で消費されます。その機能に応じて体内や細胞内を移動し、多くの化学反応によって新しい物質へと作り替えられていきます。このような化学反応のことを代謝（メタボリズム）と呼び、この物質変換は代謝経路という一定の規則により成り立っています。代謝の仕組みを理解することは、私たち自身をより深く知ることに繋がります。

　メタボローム解析は幅広い分野で利用されていますが、主に以下のようなニーズ分野で代謝を理解する手法として活用されています。

①　ライフサイエンス研究支援

　主にバイオマーカー探索や作用機序解明などの基礎研究分野で利用されています。

　生命活動を営むためには、様々な機能を精緻に制御して”恒常性”を維持する仕組み（内的／外的な影響を最小限にし、一定に保つ仕組み）が備わっています。体温や心拍数が一時的に変化しても元に戻ることが、恒常性の身近な例と言えます。しかし、疾病に罹患することにより恒常性が破綻した場合、代謝物質などの構成要素にも影響が及び、健康の時とは異なる振る舞いを示すようになります。それがバイオマーカーです。バイオマーカーとして広く知られているものに、膵臓の機能指標となる血糖（糖尿病）や肝機能の指標となるγ-GTP（肝硬変等）、腫瘍マーカーとしてPSA（前立腺がん）やCA19-9（膵臓がん等）があります。バイオマーカーとは、特定の疾患に対して客観的に評価できる生体上の指標をいいます。

　バイオマーカーは、疾患をモニターすることを目的に古くから研究されてきましたが、より高感度で一度に多くの物質を分析できる新しい方法の出現により、新たなバイオマーカーの研究成果が相次いで発表されています。メタボローム解析技術により、探索が進んでいるバイオマーカーには、以下のようなものがあります。

・疾患を予測するバイオマーカー

・治療の予後を予測するバイオマーカー

・投薬による副作用を予測するバイオマーカー

・投薬の効果を予測するバイオマーカー

　作用機序解明とは、ある成分を摂取した場合にどの代謝経路に作用しているのかを判断するために代謝物の変動の比較分析から情報を提供するものです。摂取した成分が特定の酵素などに働くことにより、活性化あるいは抑制された結果、その後に生成される代謝物の量に変化が生じます。この群比較を行うことにより、対象成分がどの酵素などに働きかけたのかなどを推定するのに活用されています。

②　機能性素材開発支援

　2015年に機能性表示食品制度が開始されました。これは機能性を分かりやすく表示した商品の選択肢を増やし、消費者の皆さんがそうした商品の正しい情報を得て選択できることを目的としています。国の定めるルールに基づき、事業者が食品の安全性と機能性に関する科学的根拠などの必要な事項を、販売前に消費者庁長官に届け出れば、機能性を表示することができる制度です。この制度により機能性表示食品に関する認知度も向上し、届け出数も増加するとともに、その市場規模も大きく増加して今日に至っています。

　この制度は、企業などにより高機能な素材開発の推進を促進することにつながったのみならず、良い素材・商材を生産されている中堅中小企業の幅広い利用にもつながっています。さらに効率的な機能性素材・製品の開発を進めるために、メタボローム解析による網羅的な機能性成分の発見と機能検証への活用が進んでいます。

③　バイオものづくり支援

　「バイオものづくり」とは、生物由来の素材を用いてものづくりを行うこと、さらには微生物などの生物の能力を活用して有用化合物などを作り出すことをいいます。化石燃料を原料としないで物質の生産を行うことができることから、カーボンニュートラル実現のキーテクノロジーとして大きな期待が寄せられています。これにより環境負荷低減に貢献できるのみならず、資源自律経済の推進や、食料安全保障の点からも重要視されています。現政権の戦略17分野の１つでもあり、今後大きな成長が期待されます。

　バイオものづくりによる物質生産の拡大を促進していくためには、生産コストを大幅に引き下げることが求められます。微生物の反応が化学的な手法と比べて長い時間を要することや、製造に成功するまで技術的に困難なことが多いため、コストが高くなりがちです。この課題を解消するために、微生物や菌株のゲノム編集などによる生産性の向上への取組みが行われてきましたが、それを効率化するためにメタボローム解析が極めて有用です。また培養プロセスにおける生産性向上にもメタボローム解析が大きく貢献しています。

(2) 当社グループ設立の経緯

　生物学、医学分野において、オミクス（注１）は生体の網羅的情報を得る手法として重要です。2001年慶應義塾大学先端生命科学研究所の曽我朋義教授（当時）は、生体内の低分子代謝物質（メタボローム）（注２）を網羅的に測定する方法を開発しました。このメタボローム測定法はキャピラリー電気泳動装置（Capillary Electrophoresis）と質量分析計（Mass Spectrometer）を組み合わせて測定するもので、頭文字をとってCE-MS法と呼ばれています。

　曽我朋義教授の測定法は、生体内のイオン性代謝物質（注３）を、一斉に、かつ、網羅的に測定できる点で画期的な技術でした。メタボローム解析技術は、生物学基礎研究から医薬品開発、疾患バイオマーカー（注４）開発等に用いられるため、本技術の社会的ニーズが見込まれました。

　こうした技術の確立を背景に、当社グループは、CE-MS法の開発者である曽我朋義教授、冨田勝教授、慶應義塾大学等が中心となり、2003年７月に設立されました。当社グループは、慶應義塾大学のアントレプレナー資金制度により出資を受けた慶應義塾大学発ベンチャー企業の第１号となりました。

(3) ビジネスモデル

　当社グループは、主にCE-MS法を用いたメタボローム解析法をコア技術として、代謝物質の網羅的解析技術を用いて顧客の研究開発を支援し、その解析結果に基づくソリューション提案を行うことで、顧客の成功に貢献すべく活動しております。

　当社は顧客から提供された試料から代謝物質を抽出し、CE-MS等によるメタボローム解析などを行い、解析結果を報告書として納品します。また顧客のご要望に応じて解析結果に基づき、専門家によるソリューションを提案するコンサルテーションも実施しております。

(4) 事業内容

　当社グループでは主に以下の３分野のニーズにお応えするサービスを提供しております。

①　ライフサイエンス研究支援サービス（略称　LSS：Life Science analysis Support service）

　主に顧客のバイオマーカー探索並びに作用機序解明などのニーズに応えるために、当社が独自に開発した高感度網羅解析技術を活用した受託解析サービスを提供しています。当社グループの解析サービスで得られた代謝物質データは、製薬企業や大学、研究所では基礎生物学研究から薬剤効果及び毒性の評価等、顧客の研究開発進展に貢献しております。

②　機能性素材開発支援サービス（略称　FDS：Functional material Development Support services）

　主に機能性素材開発におけるワンストップソリューションサービスを提供しております。機能性成分探索パッケージでは、当社のメタボローム解析技術により製品に含まれる機能性関与成分を網羅的に測定することができます。また小規模でのヒト試験「目利き臨床試験」や当社グループ独自のアルゴリズムを用いたヘルスクレーム予測パッケージにより、素材のもつ機能を推定いたします。これにより迅速かつ効果的にヘルスクレームを予測することが可能なため、素材の新たな機能を見出すとともに、本臨床試験のアウトカム未達のリスクを軽減します。その後の大規模臨床試験などでも対象素材摂取と非摂取の比較をメタボローム解析にて行うことにより、科学的な効果検証を支援いたします。

③　バイオものづくり支援サービス（略称　BMS：Bio-Manufacturing Support services）

　主にバイオものづくりにおける生産性向上を支援するサービスを提供しています。

　バイオものづくりの研究開発に取り組む企業は、宿主となる微生物や動物細胞を用いてバイオエタノールや機能性成分、抗体医薬などを生産しておりますが、このプロセスの生産効率化が、バイオものづくりに関わる企業の方々の共通の課題となっております。

　本サービスを活用して細胞内や培養上清中のメタボローム解析を実施することで、宿主となる細胞が、目的の物質を生成するのに必要な、あるいは不必要な一連の栄養素を明らかにすることが可能となります。具体的には、培養上清中の代謝物質を網羅的にかつ経時的に分析することで、培養途中で枯渇している成分、培養液中に蓄積する成分、並びに細胞内の代謝物の経時変化を調べることができ、生産性向上に向けた様々な施策につなげることができます。

　本サービスに含まれるフラックス解析により、ある物質が別の物質に変換される反応の速度を推定することができます。これにより、基質となる物質がどの程度効率的に目的の物質に変換されているか、その流れを可視化することができます。加えて理論的に最大量の目的物質が生産される場合の代謝の流れを可視化することにより、理論的にはどの程度のさらなる生産効率化が可能であるかという目標を把握し、基質となる物質をより効率的に目的物質に変換させるためのヒントを得ることができ、バイオものづくりの飛躍的な生産性向上に貢献することが期待されています。

（注１）オミクス（omics）とは、生体内に存在する遺伝子及びその発現、タンパク質、代謝物質等を網羅的に解析し、生体内の挙動を理解しようとする研究アプローチです。遺伝子（gene）ではゲノミクス（genomics）、遺伝子発現（transcript）ではトランスクリプトミクス（transcriptomics）、タンパク質（protein）ではプロテオミクス（proteomics）、代謝物質（metabolite）ではメタボロミクス（metabolomics）と表現します。

（注２）ヒトや動植物の生体内には、生命活動の維持に必要なATP（アデノシン三リン酸）等の高エネルギー物質や有機酸、アミノ酸等、数多くの代謝物質が存在し、酵素による代謝物質の変換が活発に行われています。メタボロームとは、これら生体由来の代謝物質の総称です。個々の代謝物質を指す場合には、メタボライトと言うこともあります。

（注３）イオン性代謝物質とは、水溶液中で電荷を帯びる代謝物質を指します。例えば、食塩（NaCl）は水に溶けると、Na＋（ナトリウムイオン）とCl－（塩化物イオン）に分かれます。イオン性代謝物質は、このように分子が分かれて電荷的な性質を持ち、CE-MS法は、こうしたイオン性代謝物質が電荷を帯びている性質を利用し、キャピラリー電気泳動装置で測定試料に含まれる代謝物質を分離します。

（注４）疾患バイオマーカーとは、ある病気の有無、進行状況、重症度、あるいは治療効果などを客観的に示す生体内の指標（マーカー）のことです。血液や尿、唾液、組織などから測定できる分子や物質などの情報がバイオマーカーとなります。代謝物質の疾患バイオマーカーとして広く知られているものに、糖尿病の可能性を示唆する血糖や痛風の発症リスクと関連する尿酸などがあります。

２【サステナビリティに関する考え方及び取組】

　当社グループのサステナビリティに関する考え方及び取組みは、次のとおりであります。

　なお、文中の将来に関する事項は、当連結会計年度末現在において当社グループが判断したものであります。

　当社グループは、「未来の子供たちのために、最先端のメタボローム解析技術とバイオ技術を活用した研究開発により、人々の健康で豊かな暮らしに貢献する。」という企業理念のもと、中長期的な企業価値の向上の観点から、「独創的な質量分析技術を駆使して、研究開発から生産効率化、品質保証・検査までを支える“バイオ解析プラットフォーマー”として、顧客・ユーザに付加価値を提供する」ことを通じてサステナビリティをめぐる様々な社会課題に取組み、「持続可能な社会の実現」と「当社グループの持続的な成長」の両立を目指しております。

(1）ガバナンス

　社会環境の変化に伴い当社グループを取り巻く環境も変化しており、持続的な成長を実現するために必要となる課題も変化しております。サステナビリティに関連した課題については、取締役会の中で適宜、その内容及び課題に対する取組みについて議論し、対応策の検討を行っております。

(2）戦略

　当社グループの付加価値を創造しているのは従業員です。高度な専門的知識、技能及び経験を有する多様な人材の確保及び育成、自律的にチャレンジしながら創造・変革を推進する人材の増加が当社グループの持続的な成長には不可欠です。そのためにこれまで人事制度の改訂や研修の拡充など実施してまいりました。具体的には、人事評価における「期待する能力要件」を再定義し、その評価基準を明確にするとともに、能力向上のための研修時間を確保しております。また仕事のしやすい環境整備のために、ハラスメント研修やグループ討議などを実施して、従業員同士の理解を深めています。年に10回程度タウンホールミーティングを開催し、従業員と経営者が双方向のコミュニケーションをとれる機会を設けております。当社グループの業績連動賞与も分配基準を明確にしており、従業員の努力が報酬にも結び付く体系となっています。これらにより従業員エンゲージメントスコアも過年度と比較して向上傾向にあります。

　この後のデジタルバイオ時代において、当社の企業価値向上のための成長戦略を推進していくためには、競争能力の向上と事業領域の拡大が不可欠であり、それらを実現するために「専門スキルのさらなる向上」と「エンゲージメント向上による離職率低下」に取り組んでまいります。

ａ．専門スキルのさらなる向上

　当社では顧客に付加価値を提供するために、専門性を高度化していくことに取り組んでおります。部署ごとに求められる専門性が異なるため、求められるスキルおよびその尺度を部署ごとに定義し、従業員のスキルを測定して全社のスキル評価を行いました。そのうえで部署ごとに強化が必要なスキルを明確化し、そのスキル向上のための教育・研修プログラムを実施しております。

　専門スキルの向上により、現場での自律の向上につなげ、生産性の向上ならびに顧客へのより高い付加価値の提供につなげてまいります。

ｂ．エンゲージメント向上による離職率低下

　当社では人事制度改訂や各種研修への取組などにより、2022年６月期には12％以上であった離職率を大幅に引き下げてまいりました（2026年６月期3.2％）。当社の業務には、高い専門性を要するものが多いことから、人材獲得ならびにその育成に時間と費用を要するのが現実です。エンゲージメントを向上し、離職率を低下させることは、このような費用の圧縮のみならず、競争力の維持・拡大につながり、企業価値向上につながると考えています。

　2027年６月期より、福利厚生の一環として従業員向け譲渡制限付き株式付与制度を導入いたします。本制度により、従業員が株主・投資家の皆さまと同じ視点で考えることによる経営参画意識の醸成や、当社株式の長期的な株価向上による経済的な利益享受で共に豊かさを実現するなど、利害を一致させることで持続的な企業価値の向上につながると考えております。

　上記の点以外に現状重要性の高いサステナビリティ関連リスク及び機会を認識していないため、その他の戦略については記載を省略しております。

(3）リスク管理

　当社グループの持続的な成長を実現するためのリスク管理につきましては、リスク管理委員会にてリスク評価・対策検討を行い、経営会議・取締役会で定期的にモニタリングを行っております。重要性の高いリスクに対しては経営会議で検討を行い、実効性の高い対応を実施しております。

　事業機会管理につきましては、経営会議で重点テーマを管理しつつ、優先順位を設定し、開発審議会などを通じて具体的な展開につなげております。

(4）指標及び目標

　当社グループの人的資本に関する指標及び目標は下記の通りであります。

　上記の点以外に現状重要性の高いサステナビリティ関連リスク及び機会を認識していないため、その他の指標及び目標については記載を省略しております。

５【重要な契約等】

(1) メタボローム解析受託サービス事業

(2) 事業全般に関する契約

第３【設備の状況】

１【設備投資等の概要】

　当連結会計年度の設備投資については、解析能力の増強や研究開発の加速、基幹業務の効率化を目的とした設備投資を実施しております。こちらは有形固定資産の他、無形固定資産への投資を含めて記載しており、当連結会計年度の設備投資の総額は、90,690千円であります。

　なお、当連結会計年度より、報告セグメントを「メタボローム解析受託サービス事業」の単一セグメントに変更しておりますので、セグメントごとの記載を省略しております。以下、２「主要な設備の状況」、３「設備の新設、除却等の計画」も同様であります。

第４【提出会社の状況】

１【株式等の状況】

（１）【株式の総数等】

①【株式の総数】

②【発行済株式】

（注）発行済株式のうち27,423株は、現物出資(業績条件付事後交付型譲渡制限付株式報酬）によるものであります。

（２）【新株予約権等の状況】

①【ストックオプション制度の内容】

　ストックオプション制度の内容は「第５　経理の状況　１　連結財務諸表等　(1）連結財務諸表　注記事項」の（ストック・オプション等関係）に記載しております。

　なお、当事業年度の末日から提出日の前月末現在（2026年８月31日）にかけて、新たに発行した新株予約権はありません。

②【ライツプランの内容】

　該当事項はありません。

③【その他の新株予約権等の状況】

　該当事項はありません。

（４）【発行済株式総数、資本金等の推移】

（注）1.譲渡制限付株式の付与を目的として支給した金銭債権を出資財産とした現物出資による新株発行であります。

　　　　発行価額　　890円

　　　　資本組入額　445円

　　　　割当先　　当社取締役（監査等委員である取締役を除く。）２名

　　　2.会社法第448条第１項の規定に基づき、資本準備金を減少し、その他資本剰余金へ振替えるとともに、会社法第452条の規定に基づき、振替後のその他資本剰余金を繰越利益剰余金へ振り替えたものであります。

　　　3.譲渡制限付株式の付与を目的として支給した金銭債権を出資財産とした現物出資による新株発行であります。

　　　　発行価額　　715円

　　　　資本組入額　357円

　　　　割当先　　当社取締役（監査等委員である取締役を除く。）２名

　　　4.譲渡制限付株式の付与を目的として支給した金銭債権を出資財産とした現物出資による新株発行であります。

　　　　発行価額　　620円

　　　　資本組入額　310円

　　　　割当先　　当社取締役（監査等委員である取締役を除く。）１名

（６）【大株主の状況】

②【自己株式等】

２【自己株式の取得等の状況】

【株式の種類等】　会社法第１５５条第３号による普通株式の取得

（１）【株主総会決議による取得の状況】

　該当事項はありません。

（２）【取締役会決議による取得の状況】

（注）2025年11月27日の自己株式の取得をもって、2025年５月14日取締役会決議に基づく自己株式の取得は終了しております。

（注）2026年８月26日の自己株式の取得をもって、2026年２月12日取締役会決議に基づく自己株式の取得は終了しております。

（４）【取得自己株式の処理状況及び保有状況】

（注）当期間における保有自己株式数には、2026年９月１日からこの有価証券報告書提出日までの単元未満株式の買取り及び売渡による株式数は含めておりません。

４【コーポレート・ガバナンスの状況等】

（１）【コーポレート・ガバナンスの概要】

①　コーポレート・ガバナンスに関する基本的な考え方

　当社グループは、経営の健全性及び透明性を高め、経営の効率化を図ることが、企業価値を高めていくと考えております。このため、コーポレート・ガバナンスの充実を経営上の重要な課題の一つとして位置づけ、業務執行に対する監督機能の強化や、内部統制システムによる業務執行の有効性、効率性、遵法性のチェック・管理を通じて、経営の健全性及び透明性を高め、経営の効率化に取り組んでおります。また経営理念、特に「共有の価値観」を全役員及び従業員等へ周知し、長期的な観点から法令遵守を徹底し、各ステークホルダーと調和した行動を促しております。

②　企業統治の体制の概要及び当該体制を採用する理由

　当社は、会社法に定める監査等委員会設置会社制度を採用しております。取締役会は、経営上の重要事項に係る意思決定及び取締役の業務執行の監督機関として機能し、監査等委員会は取締役の職務執行を監査しております。これによりコーポレート・ガバナンス体制の強化を図るとともに、権限移譲による意思決定と業務執行の迅速化を推進し、経営の健全性、透明性、効率性を高めることを目的としています。

　有価証券報告書提出日（2026年９月17日）現在における各機関の概要は以下のとおりです。

イ．取締役会

　取締役会は原則毎月１回又は必要に応じて随時、臨時取締役会を開催し、経営の基本方針、経営上の重要事項の意思決定、業務施策の進捗状況の確認等、重要な方針を決定する機関として、機動的な運用をしております。取締役会での決定内容は、執行役員に周知され、通達又は執行役員から全従業員に周知・徹底されることとしています。

（取締役会構成員の氏名等）

　議　長：代表取締役社長 大畑恭宏

　構成員：取締役　事業統括本部長 紙　健次郎

社外取締役（監査等委員） 夏苅一・社外取締役（監査等委員） 安藤英廣

社外取締役（監査等委員） 氏家美千代

ロ．監査等委員会

　監査等委員会は原則毎月１回開催し、監査方針・計画の策定、内部統制システムの整備・運用状況、会計監査人の評価及び報酬の妥当性等について検討を行っております。監査等委員である取締役は、必要に応じて、社内の重要な会議への出席や、重要な稟議書類を閲覧する等の監査手続を実施します。また、代表取締役や会計監査人と随時面談を行い、情報交換に努めております。

（監査等委員会構成員の氏名等）

　議　長：社外取締役（監査等委員） 氏家美千代

　構成員：社外取締役（監査等委員） 夏苅一・社外取締役（監査等委員）安藤英廣

　なお、監査等委員である社外取締役の氏家美千代氏は公認会計士の資格を有しており、財務及び会計に関する相当程度の知見を有しております。

ハ．指名委員会

　当社グループでは、社外取締役を含む以下の取締役で構成される任意の指名委員会を設置しております。

　指名委員会は、取締役の構成、取締役候補者の選任等について審議しております。

（指名委員会構成員の氏名等）

　議　長：社外取締役（監査等委員） 夏苅一

　構成員：社外取締役（監査等委員） 安藤英廣・社外取締役（監査等委員）氏家美千代

代表取締役社長 大畑恭宏

ニ．報酬委員会

　当社グループでは、社外取締役を含む以下の取締役で構成される任意の報酬委員会を設置しております。

　報酬委員会は、報酬の構成や支給基準、各取締役の報酬等について審議しております。

（報酬委員会構成員の氏名等）

　議　長：社外取締役（監査等委員） 安藤英廣

　構成員：社外取締役（監査等委員） 夏苅一・社外取締役（監査等委員）氏家美千代

代表取締役社長 大畑恭宏

ホ．経営会議

　代表取締役社長を議長として業務執行取締役と執行役員全員による経営会議を原則毎月１回開催しております。経営会議では業務執行上の主要課題の検討を行っております。必要に応じて審議事項に関する関係者を出席させ、発言させております。

ヘ．コンプライアンス委員会

　代表取締役社長を議長として業務執行取締役と人事総務部長からなるコンプライアンス委員会を必要に応じて設置します。コンプライアンス委員会は、コンプライアンスに係る取組みを推進する他、コンプライアンス違反の事例が生じた場合には、事実関係の調査、被害を最小限にとどめるための対応、再発防止策の立案を行います。

ト．コーポレート・ガバナンスの体制

　当社の機関及びコーポレート・ガバナンスの体制は、次のとおりであります。

③　取締役会、指名委員会、報酬委員会の活動状況

イ．取締役会

　当事業年度において当社は取締役会を全14回開催しており、個々の取締役の出席状況につきましては次のとおりであります。

　取締役会の具体的な検討内容としては、以下となります。

・５か年中期経営計画の策定について

2023年７月から2026年６月までの中期経営計画のレビューを行い、新規事業を含む５か年中期経営計画の検討を行いました。

・サステナビリティに関連した課題について

当社のサステナビリティに関する課題とその対処について点検を行い、人的資本戦略に関する具体的な取組みについて検討を行いました。

・取締役会の実効性評価

当社の取締役会実効性評価を行い、その結果について議論を行い、取締役会が取り組むべき優先順位の確認などを行いました。

・資本コストと株価を意識した経営の実現に向けての施策について

資本コストと株価を意識した経営の実現に向けての施策を検討するための現状把握、目標・方針の作成、具体的な施策の検討を行いました。

ロ．指名委員会

　当事業年度において当社は指名委員会を全４回開催しており、個々の取締役の出席状況につきましては次のとおりであります。

　指名委員会の具体的な検討内容として、取締役候補者の選解任基準、取締役候補（補欠候補を含む）の選任、執行役員の選任等について審議を行いました。

ハ．報酬委員会

　当事業年度において当社は報酬委員会を全３回開催しており、個々の取締役の出席状況につきましては次のとおりであります。

　報酬委員会の具体的な検討内容として、業務執行取締役の報酬体系・支給基準、各取締役の個別報酬等について審議を行いました。

④　企業統治に関するその他の事項

イ．内部統制システムの整備状況

　当社は、「内部統制システムの基本方針」を定め、内部管理体制の整備を図ることとしております。取締役会においては、法令、定款及び諸規程の定めるところにより、経営に関する重要事項等について意思決定を行うとともに、各取締役の職務執行を監督しております。

　業務執行取締役を含む役職員の権限・責任につきましては組織規程、業務分掌規程、職務権限規程に規定し、個々の業務執行に係る決裁については決裁権限基準に基づいて決定を行っております。また社長決裁事項につきましては、取締役会で報告されています。

　業務執行組織から独立した内部監査室は、業務執行部署毎に内部監査を実施し、その監査結果を全取締役が出席した上で、監査等委員会にて報告しております。また監査等委員会や会計監査人とも連携し、当社グループの決算情報の信頼性はもとより、内部統制・リスクマネジメント全般に関して業務運営の妥当性・有効性を監査するとともに必要な助言提言を行っています。

ロ．リスク管理体制の整備の状況

　当社グループでは、業務上発生する可能性のある様々な全社的リスク管理を行うために、経営会議の諮問機関としてリスク管理委員会を設置し、全社的リスクの洗い出し、評価、対応策の検討を行い、その対応策の実行状況をモニタリングしております。対応策の実行は管掌部門が責任を持ち、その進捗をリスク管理委員会にて報告することとしております。またリスク管理委員会の審議内容は経営会議並びに取締役会でも報告することしております。

　契約、与信、人事労務などの個別リスクにつきましては、管掌部門とコーポレート統括本部内各専門部門とが協議して諸規程に則り対処することとしております。

⑤　当社及び子会社から成る企業集団における業務の適正を確保するための体制

　当社及び当社子会社については、当社グループの企業理念の周知徹底を行い、また必要な諸規程を整備し周知徹底をおこなうこと、その実行状況を定期的な内部監査で確認し、また内部通報制度により不適切な業務運営が行われた場合には速やかに発見できるような体制としております。

　子会社の業務の適正を確保するための体制につきましては、関係会社管理規程並びに子会社権限決裁基準の重要事項については、親会社である当社の事前承認事項を定めている他、随時会計、経営情報を共有できる体制を構築し、経営状況のモニタリングを実施しております。こうした取組みを通じ、企業集団としての業務の効率化及び適正化に努めております。

⑥　責任限定契約の内容の概要

　当社は、会社法第427条第１項の規定により、取締役（業務執行取締役又は支配人その他の使用人である者を除く）との間に、同法第423条第１項の損害賠償責任を限定する契約を締結することができる旨を定款に定めております。これに基づき、当社と社外取締役との間で責任限定契約を締結しております。なお、当該契約に基づく賠償責任の限度額は、法令の定める最低責任限度額であります。

⑦　役員等賠償責任保険契約の内容の概要

　当社は、取締役、子会社役員及び執行役員を被保険者として、役員等賠償責任保険契約を締結しております。保険料は全額当社が負担しております。被保険者がその職務の遂行に関し責任を負うこと、又は当該責任の追及を受けることによって生ずることのある損害を当該保険により補填することとしており、故意又は重過失に起因する損害賠償請求は、当該保険により補填されません。

⑧　取締役の定数

　当社の取締役（監査等委員である取締役を除く。）は９名以内、監査等委員である取締役は４名以内とする旨を定款に定めております。

⑨　取締役の選任要件

　当社は、取締役の選任決議について、監査等委員である取締役とそれ以外の取締役とを区別して、議決権を行使することができる株主の議決権の３分の１以上を有する株主が出席し、その議決権の過半数をもって行う旨、また、累積投票によらない旨を定款に定めております。

⑩　株主総会の特別決議要件

　当社は、会社法第309条第２項に定める株主総会の特別決議要件について、議決権を行使することができる株主の議決権の３分の１以上を有する株主が出席し、その議決権の３分の２以上をもって行う旨を定款に定めております。これは、株主総会における特別決議の定足数を緩和することにより、株主総会の円滑な運営を行うことを目的とするものであります。

⑪　自己株式の取得

　当社は、会社法第165条第２項の規定により、取締役会の決議によって市場取引等により自己の株式を取得することができる旨を定款に定めております。これは、自己株式の取得を取締役会の権限とすることにより、機動的な資本政策を遂行することを目的とするものであります。

⑫　剰余金の配当等の決定機関

　当社は、会社法第459条第１項に定める事項について、法令に別段の定めがある場合を除き、株主総会の決議によらず取締役会の決議により定める旨を定款に定めております。これは、剰余金の配当等を取締役会の権限とすることにより、株主への機動的な利益還元を行うことを目的とするものであります。

⑬　取締役の責任免除

　当社は、職務の遂行にあたり期待される役割を十分に発揮できるようにするため、会社法第426条第１項の規定により、取締役（取締役であった者を含む。）の会社法第423条第１項の損害賠償責任につき、善意かつ重大な過失がない場合は、取締役会の決議によって法令の限度において免除することができる旨を定款に定めております。

（２）【役員の状況】

①　役員一覧

男性4名　女性1名　（役員のうち女性の比率　20.0％）　2026年９月17日現在

（注）１．監査等委員以外の取締役の任期は、2026年６月期に係る定時株主総会終結の時までであります。なお2026年９月18日開催予定の第23回定時株主総会にて、現取締役全員を再任する「取締役（監査等委員である取締役を除く。）２名選任の件」を議案として上程しており、当該議案が原案通り可決承認された場合、その任期は2027年６月期に係る定時株主総会終結の時までであります。

２．監査等委員である取締役の任期は、2026年６月期に係る定時株主総会終結の時までであります。なお2026年９月18日開催予定の第23回定時株主総会にて、現取締役全員を再任する「監査等委員である取締役３名選任の件」を議案として上程しており、当該議案が原案通り可決承認された場合、その任期は2028年６月期に係る定時株主総会終結の時までであります。

３．夏苅一氏、安藤英廣氏及び氏家美千代氏は、社外取締役であります。

４．所有株式数は、2026年８月31日現在のものであります。

５．当社は、法令に定める監査等委員である取締役の員数を欠くことになる場合に備え、補欠の監査等委員である取締役１名を選任しております。開示日時点での補欠の監査等委員である取締役は、松田純一氏でありますが、同氏は2026年９月18日の第23回定時株主総会終結の時をもって退任の予定です。同氏の略歴等は以下の通りであります。

６．2026年９月18日開催予定の第23回定時株主総会において、監査等委員である取締役が法令に定める員数を欠くことになる場合に備え、あらかじめ補欠の取締役（監査等委員）１名の選任（第３号議案）を上程しております。当該議案が原案どおり可決された場合における補欠の取締役（監査等委員）の略歴等は以下のとおりであります。

②　社外役員の状況

　当社の監査等委員である取締役３名は、全員社外取締役であります。当社は、コーポレート・ガバナンス向上のためには、中立で客観的な立場からのモニタリングが重要と考えており、企業経営への理解があり、当社経営者から独立性を有する社外取締役を選任しております。

　社外取締役夏苅一氏は、弁護士として豊富な経験と幅広い見識を有しており、これまで社外取締役として当社経営に対して有益な意見や率直な指摘をいただいてきたことから社外取締役として選任しております。なお、同氏がパートナーを務める松田綜合法律事務所とは顧問契約を締結しております。また、同氏はフィッシュ・アンド・プラネット株式会社取締役を兼務しております。

　社外取締役安藤英廣氏は、医薬品・ヘルスケア業界において、豊富な経験と幅広い見識を有しており、その経験や見識を活かし、当社の業務執行に関する意思決定の適法性・妥当性の確保及び経営の監視・監督の見地から適切な提言をいただけるものと期待されることから社外取締役として選任しております。なお、同氏は株式会社アンディファーマパートナーズの代表を兼務しております。

　社外取締役氏家美千代氏は、公認会計士として豊富な経験と幅広い見識を有しており、これまで上場企業の社外取締役として内部統制、リスク管理など幅広い分野での助言・提言をされております。かかる実績を踏まえ、社外取締役として選任しております。なお、同氏は、氏家公認会計士事務所所長、株式会社エノモト社外取締役（監査等委員）、興亜監査法人パートナーを兼務しております。

　当社と社外取締役との間には、上記以外の人的関係、資本的関係又は取引関係その他の利害関係はありません。また、2026年９月18日開催予定の第23回定時株主総会において再任が承認された場合、引き続き独立役員として指定する予定であります。

　当社は、「独立社外役員の選任基準」を定めており、社外取締役は、以下の全ての要件を満たすことを選任基準としております。

イ．企業集団関連要件

・当社又は当社の現在の子会社の業務執行取締役等でなく、かつ、就任の前10年に業務執行取締役等でないこと。

・当社の現在の親会社又は兄弟会社の取締役等でなく、かつ、最近５年間において親会社等の取締役であった者でないこと。

ロ．主要株主関連要件

・現在の主要株主（個人）又は主要株主である法人の親会社、重要な子会社の取締役でなく、最近５年間において当該要件に該当したことがないこと。

・当社が主要株主である会社の取締役等に該当しないこと。

ハ．取引先、出資先関連要件

・以下の者の親会社、重要な子会社の業務執行取締役でなく、かつ、過去３年間において該当したことがないこと。

当社又は当社子会社を主要な取引先としている者

当社又は当社子会社の主要な取引先

当社の大口債権者

・当社又は当社の子会社から一定額を超える寄付又は助成を受けている組織の業務執行者でないこと。

ニ．アドバイザリー関連要件

・現在当社又はその子会社の会計監査人である監査法人等の社員、パートナー又は従業員でなく、過去３年において上記に該当する場合には、当社又はその子会社の監査業務を実際に担当していないこと。

・弁護士、公認会計士、税理士その他のコンサルタント又は専門家であって、役員報酬以外に当社又は子会社から過去３年間の平均で年間1,000万円以上の金銭、その他の財産上の利益を受けていないこと。

・外部の法律事務所、監査法人、税理士法人その他のコンサルティングファーム又はアドバイザリーファームであって、当社又はその子会社を主要な取引先とするファームの社員、パートナー、又は従業員でないこと。

ホ．近親者関連要件

・近親者が上記いずれにも該当しないこと。

ヘ．その他要件

・当社又はその子会社から取締役を受け入れている会社又はその親会社、子会社の取締役等ではないこと。

・就任期間が、８年を超えていないこと。

③　社外取締役による監督又は監査と内部監査、監査等委員会監査及び会計監査との相互連携並びに内部統制部門との関係

　内部監査担当者は１名であり、年間計画に従い、全ての部署を対象に、業務全般にわたり監査を実施し、監査結果は書面により社長に報告され、監査等委員会にもその監査報告を行います。

　監査等委員会は、必要に応じて、社内の重要な会議への出席や、重要な稟議書類等を閲覧する等の監査手続を実施します。また、監査等委員会には公認会計士が含まれ、財務及び会計に関する相当程度の知見に基づき監査を行うとともに、適時会計監査人と会合を持ち、監査に関する情報や意見交換を行う等連携を図っております。

　内部監査と監査等委員会監査の連携については、内部監査担当者による監査結果の監査等委員会への報告及び意見交換を行い、監査の効率性・実効性を高めております。

５【従業員の状況等】

（１）【人材戦略に関する基本方針等】

①　人材戦略に関する方針

　当社グループは「従業員の成長＝企業の成長」と考え、人的資本の強化による持続的成長の実現を通じた企業価値の向上を目指しております。当社の提供するサービスは、多様かつ高度な専門性が求められるため、それらを有する人材の確保・育成を推進してまいります。また当社は成長戦略として事業領域の拡張を掲げております。当社の競争優位性を活かしながら、新規事業領域への参入を図っていくためには、次世代リーダーの経営力強化も必要です。また進化するAI利活用するスキルも高めていくことなしに、生産性を高めていくことはできません。デジタルバイオ時代に求められる人材の確保を重要な戦略の一つと位置付け、取り組んでまいります。

　なお具体的な取り組みにつきましては「第２　事業の状況　２　サステナビリティに関する考え方及び取組　(2）戦略」をご参照ください。

②　従業員給与等の額又は内容の決定に関する方針

　当社では多様な人財が能力を最大限発揮できる環境整備を行っており、性別、年齢、国籍等にかかわらず、職務・役割に応じた公正な評価および処遇を行うことを方針としております。

　従業員の給与等は、個人の貢献度と行動姿勢を公正に評価・反映する人事評価制度に基づき決定しております。具体的には、部門や等級に応じて経営戦略に沿う形で設定した業績目標の達成度を測る「目標管理制度（MBO）」と、当社グループが求める４つの能力の２軸で評価を行います。これらを総合的に評価することで実力と組織貢献に見合った適正な報酬体系を運用しております。なお給与の見直しは年１回を基本としています。　業績連動賞与は、当社の通年業績に基づいて原資を確定し、等級と個人評価を反映した適切な支給をしております。これにより業績向上に対する従業員の意欲を高めております。また社会保険完備のほか、各種手当、外部サービスとの連携等を含めた福利厚生を整備しております。

【注記事項】

（連結財務諸表作成のための基本となる重要な事項）

１　連結の範囲に関する事項

(1）連結子会社の数　　1社

　連結子会社の名称

　Human Metabolome Technologies America, Inc.

(2）非連結子会社

　該当事項はありません。

２　持分法の適用に関する事項

　該当事項はありません。

３　連結子会社の事業年度等に関する事項

　連結子会社の決算日は、連結決算日と一致しております。

４　会計方針に関する事項

(1）重要な資産の評価基準及び評価方法

① 有価証券

　 その他有価証券

　市場価格のない株式等

　　移動平均法による原価法

② 棚卸資産

ａ 商品

移動平均法による原価法（貸借対照表価額は収益性の低下による簿価切下げの方法により算定）

ｂ 仕掛品

個別法による原価法（貸借対照表価額は収益性の低下による簿価切下げの方法により算定）

ｃ 原材料及び貯蔵品

移動平均法による原価法（貸借対照表価額は収益性の低下による簿価切下げの方法により算定）

(2）重要な減価償却資産の減価償却の方法

① 有形固定資産（リース資産を除く）

定額法によっております。

なお、主な耐用年数は次のとおりであります。

建物及び構築物　　　　３年～15年

工具、器具及び備品　　２年～12年

② 無形固定資産（リース資産を除く）

定額法によっております。

　なお、自社利用のソフトウエアについては、社内における利用可能期間（３～５年）で償却しております。

③ リース資産

所有権移転外ファイナンス・リース取引に係るリース資産

リース期間を耐用年数とし、残存価額を零とする定額法によっております。

(3）重要な引当金の計上基準

① 貸倒引当金

　売上債権等の貸倒損失に備えるため、一般債権については貸倒実績率により、貸倒懸念債権等特定の債権については、個別に回収可能性を検討し、回収不能見込額を計上しております。

② 賞与引当金

　従業員に対して支給する賞与の支出に充てるため、支給見込額に基づき当連結会計年度に見合う分を計上しております。

（4）重要な収益及び費用の計上基準

当社グループは、以下の５ステップアプローチに基づいて、収益を認識しております。

ステップ１：顧客との契約を識別する

ステップ２：契約における履行義務を識別する

ステップ３：取引価格を算定する

ステップ４：取引価格を契約における履行義務に配分する

ステップ５：履行義務の充足時に収益を認識する

　当社グループは、主に食品・化学・製薬等の民間企業、大学や公的研究機関からメタボローム解析を受託しており、主な履行義務の内容及び当該履行義務を充足する通常の時点（収益を認識する通常の時点）は以下のとおりであります。

　顧客との契約に基づき、商品又は解析報告書等の検収がされた時点において顧客が当該商品又は解析報告書等に対する支配を獲得し、履行義務が充足されるため、当該検収時点で収益を認識しております。ただし、国内販売については、「収益認識に関する会計基準の適用指針」第98項に定める代替的な取扱いを適用し、商品又は解析報告書等の出荷時から顧客に検収される時までの期間が通常の期間である場合には、出荷時に収益を認識しております。

　これらの履行義務に関する対価は、履行義務充足後、別途定める支払条件により概ね６ヶ月以内に回収しており、当該顧客との契約に基づく債権について、重要な金融要素の調整は行っておりません。

(5）重要な外貨建の資産又は負債の本邦通貨への換算の基準

　外貨建金銭債権債務は、連結決算日の直物為替相場により円貨に換算し、換算差額は損益として処理しております。なお、在外子会社等の資産及び負債は、連結決算日の直物為替相場により円貨に換算し、収益及び費用は期中平均相場により円貨に換算し、換算差額は純資産の部における為替換算調整勘定に含めております。

(6）連結キャッシュ・フロー計算書における資金の範囲

　手許現金、随時引き出し可能な預金及び容易に換金可能であり、かつ、価値の変動について僅少なリスクしか負わない取得日から３ヶ月以内に償還期限の到来する短期投資からなっております。

（重要な会計上の見積り）

繰延税金資産の回収可能性

　(1)当連結会計年度の連結財務諸表に計上した金額

（単位：千円）

　(2)識別した項目に係る重要な会計上の見積りの内容に関する情報

１．算出方法

　繰延税金資産の回収可能性を判断するにあたり、「繰延税金資産の回収可能性に関する適用指針」（企業会計基準適用指針第26号）に基づき、将来減算一時差異に対して、将来の収益力に基づく課税所得及びタックス・プランニングに基づき、繰延税金資産の回収可能性を判断しております。当連結会計年度においては、過去３年分及び当期の課税所得、当期末における将来減算一時差異、将来の事業計画から課税所得の見積りを行い、回収が見込まれると判断した金額に基づき繰延税金資産を計上しております。

２.主要な仮定

　当社グループは、将来の課税所得の見積りについて、主として取締役会により承認された５か年中期経営計画[TIAD6]を基礎として見積りを行っております。TIAD6では、既存事業の維持拡大、事業領域の拡張、それらを支える技術競争力の強化による売上高の増加と生産性の向上による収益性の向上を主要な仮定としております。

３.翌連結会計年度の連結財務諸表に与える影響

　繰延税金資産の回収可能性の判断における将来の課税所得の見積りや将来減算一時差異のスケジューリングは、将来の不確実な経済状況によって影響を受ける可能性があり、その見積りの前提とした条件や仮定に変更が生じた場合、翌連結会計年度以降の連結財務諸表において繰延税金資産を認識する金額に影響を与える可能性があります。

（未適用の会計基準等）

・「リースに関する会計基準」（企業会計基準第34号　2024年９月13日）

・「リースに関する会計基準の適用指針」等（企業会計基準適用指針第33号　2024年９月13日）

(1）概要

　国際的な会計基準と同様に、借手のすべてのリース取引について資産・負債を計上する等の取扱いを定めるものであります。

(2）適用予定日

　2028年６月期の期首から適用します。

(3）当該会計基準等の適用による影響

　「リースに関する会計基準」等の適用による連結財務諸表に与える影響額については、現時点で評価中です。

（後発事象に関する会計基準等）

・「後発事象に関する会計基準」（企業会計基準第41号　2026年１月９日）

・「後発事象に関する会計基準の適用指針」（企業会計基準適用指針第35号　2026年１月９日）

（1）概要

「後発事象に関する会計基準」等は、後発事象の定義、会計処理及び開示等を取り扱う包括的な会計基準を設定することを優先的な課題とし、日本公認会計士協会　監査・保証基準委員会　監査基準報告書第560実務指針第１号「後発事象に関する監査上の取扱い」で示されている会計に関する内容を原則として踏襲して企業会計基準委員会に移管することを基本的な方針として、表現の見直し及び後発事象の評価期間の整理を行うとともに、財務諸表の公表の承認に関する注記を新たに求める等、後発事象に関する会計処理及び開示について定めたものであります。

（2）適用予定日

　2028年６月期の期首から適用します。

（連結損益計算書関係）

※１　販売費及び一般管理費のうち主要な費目及び金額は、次のとおりであります。

※２　一般管理費に含まれる研究開発費は、次のとおりであります。

※３　新株予約権戻入益の内容は次のとおりであります。

※４　投資有価証券評価損

前連結会計年度（自　2024年７月１日　至　2025年６月30日）

　当社が保有する投資有価証券の一部（非上場株式１銘柄）について、取得価額に比べて評価が著しく下落したため、投資有価証券評価損を計上しております。

当連結会計年度（自　2025年７月１日　至　2026年６月30日）

　該当事項なし。

（連結株主資本等変動計算書関係）

前連結会計年度（自　2024年７月１日　至　2025年６月30日）

１　発行済株式に関する事項

（変動事由の概要）

普通株式の株式数の増加は、取締役（監査等委員である取締役を除く。）1名に対して譲渡制限付株式の付与のため、2024年10月18日付で普通株式4,064株を発行したものであります。

２　自己株式に関する事項

（注）普通株式の自己株式の株式数の増加227,500株は、取締役会決議による自己株式の取得による増加であります。

３　新株予約権等に関する事項

４　配当に関する事項

(1) 配当金支払額

(2) 基準日が当連結会計年度に属する配当のうち、配当の効力発生日が翌連結会計年度となるもの

当連結会計年度（自　2025年７月１日　至　2026年６月30日）

１　発行済株式に関する事項

２　自己株式に関する事項

（注）1.普通株式の自己株式の株式数の増加280,300株は、取締役会決議による自己株式の取得による増加であります。

　　　2.普通株式の自己株式の減少7,926株は、取締役（監査等委員である取締役を除く。）２名に対して譲渡制限付株式の付与のため、2025年10月17日付で自己株式7,926株を処分したものであります。

３　新株予約権等に関する事項

４　配当に関する事項

(1) 配当金支払額

(2) 基準日が当連結会計年度に属する配当のうち、配当の効力発生日が翌連結会計年度となるもの

（連結キャッシュ・フロー計算書関係）

※　現金及び現金同等物の期末残高と連結貸借対照表に掲記されている科目の金額との関係は、次のとおりであります。

（ストック・オプション等関係）

１．ストック・オプションに係る費用計上額及び科目名

該当事項はありません。

２．権利不行使による失効により利益として計上した金額

（単位：千円）

３．ストック・オプションの内容、規模及びその変動状況

(1）ストック・オプションの内容

（注）１．株式数に換算して記載しております。

２．当連結会計年度末における内容を記載しております。なお、有価証券報告書提出日の属する月の前月末（2026年８月31日）現在において、これらの事項に変更はありません。

３．調整前行使価額を下回る価額で、新株を発行又は自己株式を処分する場合は、次の算式により行使価額を調整し、調整により生ずる１円未満の端数は切り上げる。